Según este modelo, en situaciones traumáticas la información queda almacenada disfuncionalmente. El objetivo del tratamiento es acceder a estas memorias almacenadas de modo disfuncional, y procesarlas, con lo que las sensaciones, emociones y elementos cognitivos asociados a estas memorias se transforman a un estado adaptativo.

El modelo teórico se basa en el sistema de procesamiento de información intrínseco del cerebro y cómo se almacenan las memorias. Los síntomas y problemas actuales del paciente se consideran resultado de experiencias perturbadoras previas que no fueron procesadas adecuadamente, y permanecen en un estado específico, es decir, están almacenadas disfuncionalmente (Shapiro, 2001, 2007)

El procedimiento de actuación en EMDR comienza explicando al paciente en que consiste EMDR y cómo funciona. En este punto se hace la recogida de datos necesarios para abordar la experiencia perturbadora que trae el paciente a consulta.

La terapia se compone de 8 pasos o fases que consisten en identificar y tratar el problema específico así como procesar los recuerdos de las experiencias pasadas que son el origen de los síntomas que presenta el paciente.

Con este procedimiento terapéutico los problemas que antes implicaban un largo número de sesiones terapéuticas se necesitan muchas menos sesiones.